Film Negeri 5 Menara diadaptasi dari novel karya Ahmad Fuadi yang menceritakan kisah perjalanan seorang remaja bernama Alif Fikri. Ia berasal dari Maninjau, Sumatera Barat, dan sejak kecil bercita-cita ingin menjadi insinyur serta bersekolah di Bandung seperti idolanya B.J. Habibie. Namun, keinginannya itu tidak sejalan dengan harapan ibunya yang menginginkannya belajar agama di pesantren.

Dengan perasaan kecewa dan setengah hati, Alif akhirnya menuruti permintaan ibunya dan berangkat ke Pondok Madani (PM), sebuah pesantren modern yang terletak di Ponorogo, Jawa Timur. Perjalanan hidup baru Alif di Pondok Madani terasa tidak mudah dan penuh tantangan, namun ia mulai menikmati kehidupan di pesantren yang penuh disiplin, semangat, dan nilai-nilai kebersamaan.

Di Pondok Madani, Alif bertemu dengan lima sahabat dari berbagai daerah di Indonesia, yaitu Raja dari Medan, Said dari Surabaya, Dulmajid dari Sumenep, Atang dari Bandung, dan Baso dari Gowa. Mereka berenam menjadi sahabat karib yang selalu belajar dan berjuang bersama. Sering kali mereka duduk di bawah menara masjid pondok sambil memandangi langit dan membayangkan cita-cita besar mereka di masa depan.

Dari situlah muncul julukan “Sahabat Menara”, karena mereka percaya bahwa dari tempat yang kecil sekalipun, seseorang dapat melihat dunia yang luas jika memiliki tekad dan impian yang tinggi. Semboyan yang selalu mereka pegang adalah “Man Jadda Wajada”, yang artinya siapa yang bersungguh-sungguh pasti berhasil. Kalimat itu menjadi sumber semangat bagi mereka untuk terus berjuang dan pantang menyerah.

Seiring berjalannya waktu, masing-masing dari mereka mulai menemukan jalan menuju cita-cita yang diimpikan. Ada yang melanjutkan studi ke luar negeri, ada yang menjadi wartawan, pendakwah, maupun guru. Mereka berhasil membuktikan bahwa kerja keras, doa orang tua, dan keyakinan dapat membawa seseorang menuju kesuksesan yang diimpikan.