Saat hari Jum'at MTsN 5 Jombang dipagi hari tidak melaksana kan sholat dhuha. Karena melaksanakan ada kegiatan istighotsah dan khotmil qur'an. Khotmil qur'an dilaksanakan untuk menyampaikan rasa syukur kita(seluruh warga/keluarga besar MTsN 5 Jombang) terhadap Allah Swt. Tetapi tidak semua siswa-siswi MTsN 5 Jombang yang mengikuti khotmil qur'an, dikarenakan setiap kelas harus diwakilkan 13 anak untuk mengikuti khotmil qur'an. Dan untuk siswa-siswi yang tidak mengikuti khotmil qur'an melaksanakan istighotsah dilapangan dengan guru - guru yang lainnya. Dewan guru yang mengikuti khotmil qur'an ada 3 yaitu pak Rahmat, bu Anik Zuroidah, dan bu Pipit. 

Khotmil qur'an dipimpin oleh pak Rahmat. Bu anik bertugas menyimak salah satu murid yang kurang bisa membaca Al-Quran. Sedangkan bu Pipit bertugas membagi kelompok. Setiap kelompok harus mengkhatamkan 1 juz setiap hari jumat/saat khotmil qur'an. Juz yang dibaca sesuai dengan kelompoknya, misal: kelompok 1 membaca juz 1 dan seterusnya. 

Jika jum'at pertama sudah menghatamkan, maka jum'at kedua dan jum'at eterusnya membaca juz berikut nya, misalnya kelompok 3 membaca juz 3 jum'at berikut kelompok 3 membaca juz 4 begitu seterus nya sampai kelompok terakhir. Jika khotmil qur'an dan istighotsah sudah selesai maka siswa-siswi bisa kembali ke kelas masing-masing untuk melaksanakan jam pelajaran yang telah terjadwal kan.